В САЩ хоспитализациите поради COVID-19 се увеличават при възрастната популация (70+) Линк: https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#new-hospital-admissions
- Публикувана: 14 май 2022, 19:14 ч.
- Последно мнение: 13 юни 2025, 00:02 ч.
COVID-19 (COrona VIrus Disease-2019) Тема - 10
В САЩ хоспитализациите поради COVID-19 се увеличават при възрастната популация (70+) Линк: https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#new-hospital-admissions
Био-информатиците, генните биолози и вирусолозите "добавят цифри след точката" (тоест разграничават различните подварианти) не на база симптоматика, а на база мутации и оттам съществени разлики във вирусния геном.
Всички подварианти на Омикрон са с много близка симптоматика. Само по симптоми не може да се определи точно подварианта, трябва секвениране.
Всички подварианти на Омикрон са с много близка симптоматика. Само по симптоми не може да се определи точно подварианта, трябва секвениране.
А ако вирусът мутира чак толкова много, че дори нова ваксина не би била ефикасна срещу него, не е ли редно да му се даде следващата подред буква?
Честно струва ми се странно всеки подвариант да се обмисля и обсъжда, ако в симптоматиката и тестването няма чувствителни изменения. Пък и нова ваксина я има есента, я няма. Нови варианти - може и да няма, но може вече и да се вихрят и никой да не знае, защото ме съмнява в някои части на Азия, Южна Америка и Африка да се скъсват да секвенират.
Честно струва ми се странно всеки подвариант да се обмисля и обсъжда, ако в симптоматиката и тестването няма чувствителни изменения. Пък и нова ваксина я има есента, я няма. Нови варианти - може и да няма, но може вече и да се вихрят и никой да не знае, защото ме съмнява в някои части на Азия, Южна Америка и Африка да се скъсват да секвенират.
Здравните власти в Истанбул предупредиха, че са регистрирали няколко предполагаеми случая на вируса на маймунска шарка. Носителите са били засечени в аптека в Султангази, един от най-гъсто населените квартали на европейския бряг на Истанбул, съобщи информационната агенция Демирйорен хабер ажансъ.
В аптеката трима души, за които се посочва, че са чужденци, поискали да закупят крем за ръце. Показали ръцете си, които били обсипани с рани, подобни на предизвикваните от вируса на маймунската шарка. Аптекарят им дал искания крем. След това позвънил по телефона на здравната служба, където изложил съмненията си, че вероятно става дума за заразени с вируса на маймунската шарка.
Веднага пристигнал полицейски патрул, който засякъл чужденците на булеварда, където се намирала аптеката. След това тримата чужденци били откарани с линейка в болнично заведение и били изолирани. Направени са им необходимите тестове и се очакват резултатите.
https://dariknews.bg/novini/sviat/majmunskata-sharka-na-balkanit … v-regiona-2312719
В аптеката трима души, за които се посочва, че са чужденци, поискали да закупят крем за ръце. Показали ръцете си, които били обсипани с рани, подобни на предизвикваните от вируса на маймунската шарка. Аптекарят им дал искания крем. След това позвънил по телефона на здравната служба, където изложил съмненията си, че вероятно става дума за заразени с вируса на маймунската шарка.
Веднага пристигнал полицейски патрул, който засякъл чужденците на булеварда, където се намирала аптеката. След това тримата чужденци били откарани с линейка в болнично заведение и били изолирани. Направени са им необходимите тестове и се очакват резултатите.
https://dariknews.bg/novini/sviat/majmunskata-sharka-na-balkanit … v-regiona-2312719
Новата тема стартираме с:
110 157 активни
586 хоспитализирани
54 в интензивни.
110 157 активни
586 хоспитализирани
54 в интензивни.
Тоно 1 седмица по-късно данните са:
83 645 активни
514 хоспитализирани
47 интензивни
https://coronavirus.bg/
Към 29.05 данните са:
77 593 активни
420 хоспитализирани
36 интензивни
https://coronavirus.bg/
Към 05.06 данните са:
73 101 активни
332 хоспитализирани
31 интензивни
https://coronavirus.bg/
Някои данни за Португалия, Испания, Германия:
https://www.theguardian.com/world/2022/jun/03/omicron-covid-subv … eaths-in-portgual
Скокът на случаите на Covid-19 и смъртните случаи в Португалия, предизвикани от подварианта Omicron BA.5, въпреки топлите температури, кара столиците в Европа отново да обмислят мерки срещу пандемия, която започна да избледнява в обществената памет.
Португалия потвърди 26 848 нови случая и регистрира 47 смъртни случая от Covid в сряда – най-високият ежедневен брой смъртни случаи от 17 февруари, когато бяха съобщени 51 смъртни случая от болестта.
Тенденцията контрастира със ситуацията с пандемията във Франция, Германия, Обединеното кралство и съседна Испания, където броят на случаите намалява през последните два месеца.
Според данни на португалското здравно министерство 1455 души са починали от Covid, когато страната навлезе в шестата си вълна на пандемията през април и май.
Последният доклад на здравното министерство и Института Рикардо Хорхе отбелязва, че „смъртността от всички причини е над очакваните стойности за времето на годината“, добавяйки, че е имало „увеличение на специфичната смъртност от Covid-19“.
Португалия регистрира 2888 нови случая на милион души през седемте дни до 2 юни, докато съседна Испания регистрира 373 нови случая на милион за същия период.
Калифорния, САЩ:
https://apnews.com/article/covid-health-san-francisco-california … 8bf2ea34fadf73e52
Окръг Аламеда в Северна Калифорния заяви в четвъртък, че ще възстанови политиката за маски на закрито, тъй като хоспитализациите с COVID-19 непрекъснато нарастват в най-гъсто населения щат в страната.
https://www.theguardian.com/world/2022/jun/03/omicron-covid-subv … eaths-in-portgual
Скокът на случаите на Covid-19 и смъртните случаи в Португалия, предизвикани от подварианта Omicron BA.5, въпреки топлите температури, кара столиците в Европа отново да обмислят мерки срещу пандемия, която започна да избледнява в обществената памет.
Португалия потвърди 26 848 нови случая и регистрира 47 смъртни случая от Covid в сряда – най-високият ежедневен брой смъртни случаи от 17 февруари, когато бяха съобщени 51 смъртни случая от болестта.
Тенденцията контрастира със ситуацията с пандемията във Франция, Германия, Обединеното кралство и съседна Испания, където броят на случаите намалява през последните два месеца.
Според данни на португалското здравно министерство 1455 души са починали от Covid, когато страната навлезе в шестата си вълна на пандемията през април и май.
Последният доклад на здравното министерство и Института Рикардо Хорхе отбелязва, че „смъртността от всички причини е над очакваните стойности за времето на годината“, добавяйки, че е имало „увеличение на специфичната смъртност от Covid-19“.
Португалия регистрира 2888 нови случая на милион души през седемте дни до 2 юни, докато съседна Испания регистрира 373 нови случая на милион за същия период.
Скрит текст:
Въпреки че повечето ограничения бяха премахнати в Испания, маските остават задължителни в обществения транспорт и в болници, здравни центрове, аптеки и домове за грижи.
Делът на случаите на подварианта BA.5 също нараства в Германия, макар и от по-ниско ниво. Според седмичния бюлетин с новини на германската агенция за контрол на болестите, Robert Koch Institute, делът на случаите на BA.5 се е удвоил приблизително всяка седмица през последния месец, от 0,2% от случаите в края на април до 5,2% до 22 май.
Omicron BA.2 остава доминиращият подвариант в Германия с дял от 96%. Общият брой на потвърдените случаи на Covid инфекции в най-голямата икономика в Европа намалява стабилно от края на март. В четвъртък Германия регистрира 46 327 нови потвърдени инфекции и 124 души, починали от или с вируса.
„Короната не е свършила, както се вижда от тежкото огнище на Omicron в Португалия“, каза Франк Улрих Монтгомъри, председател на Световната медицинска асоциация, в интервю за вестник Rheinische Post.
Изискванията за носене на маски са отпаднали на повечето места, освен в градския транспорт и болниците, и докато бързите тестове в германските градове трябва да останат безплатни поне до края на месеца, малко места изискват доказателство за отрицателен тест, за да позволят влизане.
Делът на случаите на подварианта BA.5 също нараства в Германия, макар и от по-ниско ниво. Според седмичния бюлетин с новини на германската агенция за контрол на болестите, Robert Koch Institute, делът на случаите на BA.5 се е удвоил приблизително всяка седмица през последния месец, от 0,2% от случаите в края на април до 5,2% до 22 май.
Omicron BA.2 остава доминиращият подвариант в Германия с дял от 96%. Общият брой на потвърдените случаи на Covid инфекции в най-голямата икономика в Европа намалява стабилно от края на март. В четвъртък Германия регистрира 46 327 нови потвърдени инфекции и 124 души, починали от или с вируса.
„Короната не е свършила, както се вижда от тежкото огнище на Omicron в Португалия“, каза Франк Улрих Монтгомъри, председател на Световната медицинска асоциация, в интервю за вестник Rheinische Post.
Изискванията за носене на маски са отпаднали на повечето места, освен в градския транспорт и болниците, и докато бързите тестове в германските градове трябва да останат безплатни поне до края на месеца, малко места изискват доказателство за отрицателен тест, за да позволят влизане.
Калифорния, САЩ:
https://apnews.com/article/covid-health-san-francisco-california … 8bf2ea34fadf73e52
Окръг Аламеда в Северна Калифорния заяви в четвъртък, че ще възстанови политиката за маски на закрито, тъй като хоспитализациите с COVID-19 непрекъснато нарастват в най-гъсто населения щат в страната.
Скрит текст:
Ежедневният прием на нови болници на пациенти с COVID-19 надхвърли пика от миналото лято и мандатът има за цел да „отрази сериозността на момента“ по време на поредния скок на случаите на коронавирус в Калифорния, каза здравният служител на окръг Аламеда д-р Никълъс Мос в декларация.
„Не можем да игнорираме данните и не можем да предвидим кога тази вълна може да приключи. Поставянето на маските ни дава най-добрата възможност да ограничим въздействието на продължителна вълна върху нашите общности“, каза Мос.
Окръгът с 1,7 милиона жители точно от другата страна на залива от Сан Франциско ще изисква маски за лице в повечето закрити помещения, започвайки от петък в полунощ.
„Не можем да игнорираме данните и не можем да предвидим кога тази вълна може да приключи. Поставянето на маските ни дава най-добрата възможност да ограничим въздействието на продължителна вълна върху нашите общности“, каза Мос.
Окръгът с 1,7 милиона жители точно от другата страна на залива от Сан Франциско ще изисква маски за лице в повечето закрити помещения, започвайки от петък в полунощ.
Аз отдавна не се чудя, че някои се съмняват в ползата от ваксините, както не се и чудя и че някои се съмняват и че земята е кръгла. Едното е по-екстремно, да, но и двете почиват на отричане/неразбиране на факти.
Няма абсолютно никакво съмнение, че най-малкото, ваксините за ковид са спасила милиони животи. Да избегнеш да се заразиш не е единсвеният ефект от ваксините. Безумно е, но пък точно в стила на плоскоземците, да се твърди, че ваксините “не работят”.
Георги Маринов: "Втори пост от серията посветени на гениите, които убеждаваха, че след първите две-три RBD мутации, които се наблюдаваха в края на 2020 г. и началото на 2021 г., с еволюцията се е приключило.
Да си припомним как миналото лято в Ню Йорк секвенираха изключително дивергирали вируси от отходните води:
https://www.facebook.com/gkmarinov/posts/10102748348194988
Тогава бяха идентифицирани четири такива секвенции, включително WNY4, който беше най-мутиралият известен вирус дотогава, със 16 мутации само в частта на RBD между аминокиселини 410 и 520 (това ограничение се налага от технологичните лимитации на амплификацията и секвенирането -- с обикновени Illumina машини могат да се секвенират само по максимум 600 бази наведнъж, т.е. 200 кодона/аминокиселни).
Това беше най-силното предупреждение, че ни чака нещо като Омикрон, но естествено никой не обърна внимание.
Онзи ден е излязла като препринт втората част на това изследване:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.06.03.22275961v1
Резултатите са още по-драматични -- ако миналата година бяха идентифицирани четири такива секвенции, то сега броят им е дузини, и е невъзможно въобще да се спираме на всяка една поотделно.
Достатъчно е да се каже, че вече има секвенции с по 25 мутации в същия този ограничен участък. За сравнение дори BA.4/5 имат само 17 мутации, но това от позиции 350 до 550, а тук имаме 25 RBD мутации от позиция 410 нататък, т.е. между 350 и 410 не знаем какво става.
Също така е много интересно, че броят мутации нараства с течение на времето -- при секвенирането от месец април 2021 г. средното е 4-5 RBD мутации, но през октомври и ноември 2021 г. средното е вече 8-11, и вече се появяват и наистина рекордно мутиралите варианти.
Направен и подобен анализ, макар и доста по-ограничен като обем на отходни води и в Мисури и в Калифорния, и там броят мутации също е малък, въпреки че става дума за проби, взети много по-късно във времето.
Обяснението е, че на тези места нямаше значима първа вълна пролетта на 2020 г., докато Ню Йорк беше епицентърът в Америка. Съответно произходът на повечето от тези вируси датира от онзи период през март и април 2020 г. Това виждане се подкрепя от филогенетичния анализ (доколкото може да се прави такъв на база такава малка секвенция) -- идентифицирана е една секвенция, може би производна на Алфа варианта, останалото са вероятно все разклонения на базовия B.1 вариант.
Някои от наблюдаваните мутации са конвергентни с Омикрон -- N440K, G446S, E484A, Q493R, G496S, Q498R, Y505H -- но много други са засега редки в секвенираните от пациенти вируси, като например N460K, K444T, K445A и серия от делеции на различни места в RBD.
За част от вируте авторите успяват да амплифицират S1 гена от началото му до позиция 550 и да секвенират изцяло с PacBio.
Това показва, както би могло и да се очаква, огромно количество мутации в NTD (който е още по-пластична структура от RBD).
За съжаление няма никаква информация за мутациите в FCS и S2, като и в Nsp и ORF протеините (които имат основно отношение към вирулентността на тези вируси при хората).
Загадка остава произходът на тези варианти. Обясненията са две -- хронични човешки инфекции или животински резервоар. Но и двете не обясняват всички факти. За хроничните инфекции при индивиди с имунна недостатъчност сме говорили много пъти, но в последно време излизат все повече и повече убедителни данни за това как вирусът се задържа в лигавиците на червата много дълго време след изчистването на острата фаза на инфекцията. Ако тези радикално различни варианти се генерираха при хора с имунна недостатъчност, изниква въпросът защо няма никакво предаване на други хора. Колкото и да е ограничено секвенирането, все щяха да бъдат забелязани ако имаше значимо по обем предаване. Ако става дума за варианти, които се генерират в резултат на хроничното задържане на вируса в червата, тогава единственият път за заразяване по-нататък е фекално-оралният, което вероятно се случва рядко. Но изниква друг проблем -- концентрациите на тези вируси в отходните води са твърде високи за да е достоверна идеята, че отделни индивиди ги отделят в тях.
Това води към другата хипотеза, че става дума за животински резервоар, вероятно плъхове. Някои от наблюдаваните мутации са известни адаптации към мишки и плъхове в лабораторни условия, така че има подкрепа и за това виждане. Но и тук има проблем -- секвенциите са много ограничени географски дори в рамките на града Ню Йорк, което не би се очаквало да бъде така ако ставаше дума за масова инфекция сред популациите от плъхове в каналите. Освен това изниква и въпросът защо вирусът еволюира толкова бързо -- това е абсурдно количество мутации само за 18 месеца -- при плъховете, но не и при хората. И не само това -- доколко има плъша РНК в тези проби може да се измери директно, и не във всички има голямо количество плъша рибозомна РНК.
Така че мистерията си остава. И, разбира се, това е още едно предупреждение, което и този път няма да бъде чуто."
Да си припомним как миналото лято в Ню Йорк секвенираха изключително дивергирали вируси от отходните води:
https://www.facebook.com/gkmarinov/posts/10102748348194988
Тогава бяха идентифицирани четири такива секвенции, включително WNY4, който беше най-мутиралият известен вирус дотогава, със 16 мутации само в частта на RBD между аминокиселини 410 и 520 (това ограничение се налага от технологичните лимитации на амплификацията и секвенирането -- с обикновени Illumina машини могат да се секвенират само по максимум 600 бази наведнъж, т.е. 200 кодона/аминокиселни).
Това беше най-силното предупреждение, че ни чака нещо като Омикрон, но естествено никой не обърна внимание.
Онзи ден е излязла като препринт втората част на това изследване:
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.06.03.22275961v1
Резултатите са още по-драматични -- ако миналата година бяха идентифицирани четири такива секвенции, то сега броят им е дузини, и е невъзможно въобще да се спираме на всяка една поотделно.
Достатъчно е да се каже, че вече има секвенции с по 25 мутации в същия този ограничен участък. За сравнение дори BA.4/5 имат само 17 мутации, но това от позиции 350 до 550, а тук имаме 25 RBD мутации от позиция 410 нататък, т.е. между 350 и 410 не знаем какво става.
Също така е много интересно, че броят мутации нараства с течение на времето -- при секвенирането от месец април 2021 г. средното е 4-5 RBD мутации, но през октомври и ноември 2021 г. средното е вече 8-11, и вече се появяват и наистина рекордно мутиралите варианти.
Направен и подобен анализ, макар и доста по-ограничен като обем на отходни води и в Мисури и в Калифорния, и там броят мутации също е малък, въпреки че става дума за проби, взети много по-късно във времето.
Обяснението е, че на тези места нямаше значима първа вълна пролетта на 2020 г., докато Ню Йорк беше епицентърът в Америка. Съответно произходът на повечето от тези вируси датира от онзи период през март и април 2020 г. Това виждане се подкрепя от филогенетичния анализ (доколкото може да се прави такъв на база такава малка секвенция) -- идентифицирана е една секвенция, може би производна на Алфа варианта, останалото са вероятно все разклонения на базовия B.1 вариант.
Някои от наблюдаваните мутации са конвергентни с Омикрон -- N440K, G446S, E484A, Q493R, G496S, Q498R, Y505H -- но много други са засега редки в секвенираните от пациенти вируси, като например N460K, K444T, K445A и серия от делеции на различни места в RBD.
За част от вируте авторите успяват да амплифицират S1 гена от началото му до позиция 550 и да секвенират изцяло с PacBio.
Това показва, както би могло и да се очаква, огромно количество мутации в NTD (който е още по-пластична структура от RBD).
За съжаление няма никаква информация за мутациите в FCS и S2, като и в Nsp и ORF протеините (които имат основно отношение към вирулентността на тези вируси при хората).
Загадка остава произходът на тези варианти. Обясненията са две -- хронични човешки инфекции или животински резервоар. Но и двете не обясняват всички факти. За хроничните инфекции при индивиди с имунна недостатъчност сме говорили много пъти, но в последно време излизат все повече и повече убедителни данни за това как вирусът се задържа в лигавиците на червата много дълго време след изчистването на острата фаза на инфекцията. Ако тези радикално различни варианти се генерираха при хора с имунна недостатъчност, изниква въпросът защо няма никакво предаване на други хора. Колкото и да е ограничено секвенирането, все щяха да бъдат забелязани ако имаше значимо по обем предаване. Ако става дума за варианти, които се генерират в резултат на хроничното задържане на вируса в червата, тогава единственият път за заразяване по-нататък е фекално-оралният, което вероятно се случва рядко. Но изниква друг проблем -- концентрациите на тези вируси в отходните води са твърде високи за да е достоверна идеята, че отделни индивиди ги отделят в тях.
Това води към другата хипотеза, че става дума за животински резервоар, вероятно плъхове. Някои от наблюдаваните мутации са известни адаптации към мишки и плъхове в лабораторни условия, така че има подкрепа и за това виждане. Но и тук има проблем -- секвенциите са много ограничени географски дори в рамките на града Ню Йорк, което не би се очаквало да бъде така ако ставаше дума за масова инфекция сред популациите от плъхове в каналите. Освен това изниква и въпросът защо вирусът еволюира толкова бързо -- това е абсурдно количество мутации само за 18 месеца -- при плъховете, но не и при хората. И не само това -- доколко има плъша РНК в тези проби може да се измери директно, и не във всички има голямо количество плъша рибозомна РНК.
Така че мистерията си остава. И, разбира се, това е още едно предупреждение, което и този път няма да бъде чуто."